間欠自己導尿法には、無菌的と清潔との二つの技法があります。

無菌的技法では、排尿機能障害のある人は無菌的な手袋をはめ、道具や綿球などの材料を滅菌したピンセットなどで扱わなければなりません。この技法は、予防的に抗生物質の投与を受けていても、自己導尿を行っている人々にかなり高頻度に細菌尿が観察されているような病院のなかでは推奨されます（Anderson, 1980）。

清潔技法は外来患者に、たとえば在宅生活を送っている人々に、利用できます（Linsen-meyeretal., 1993）。ラビデスたち（Lapidesetal., 1972）が指摘したように、清潔であっても無菌的ではない技法で十分です。なぜなら、カテーテルによって挿入された細菌は膀胱の抵抗力によって消滅させられるからです。