間欠式バルーンカテーテルを使用すると一過性の細菌尿や、急性膜胱炎になることがある。急性膜胱炎の臨床症状や微候は排尿困難、頻尿や尿意切迫、尿失禁、尿混濁であり、それに時として血尿をみることがある。

間欠式バルーンカテーテルをはずして自己導尿に戻すと通常は症状の改善が得られる。

治療については、広範囲に効く抗生物質が処方される。こうしたカテーテル使用に、予防的に抗生物質を用いることについては、一般には使用しない方向であるが、専門家の意見が分かれている（Linsenmeyer et al，1993）。